在離子交換水處理系統的運行過程中，各種離子交換樹脂常常會漸漸改變其性能。一是樹脂的本質改變了，即其化學結構受到破壞；二是受到外來雜質的污染。由前一種情況所造成樹脂性能的改變，是無法恢復的；由后一種情況所造成樹脂性能的改變，則可以采取適當的措施，清除這些污物，從而使樹脂性能復原或有所改進。
一、變質
陽樹脂
陽樹脂在應用中變質的主要原因是由于水中有氧化劑，如游離氯、硝酸根等。當溫度高時，樹脂受氧化劑的侵蝕更為嚴重，若水中有重金屬離子，因其能起催化作用，致使樹脂加速變質。
陽樹脂氧化后發生的現象為：顏色變淺，樹脂體積變大，因此易碎和體積交換容量降低，但質量交換容量變化不大。由于設備中樹脂上下層與進水接觸先后順序不同，受侵害的程度也不同，當水下流時，上層樹脂首先與含氧化劑的水接觸，所以遭受侵害的程度最大。
實踐證明，強酸性H型樹脂受侵害的程度最為強烈，除去水中游離氯，常用兩種方法，一種是用活性炭過濾，另一種是投加亞硫酸鈉。
大孔強酸性陽離子交換樹脂，在抗氧化性和機械強度方面都比較好，而交換容量、再生效率、漏鈉量均與凝膠型樹脂相差不多。
陰樹脂
總的來說，陰樹脂的化學穩定性比陽樹脂要差，所以它對氧化劑和高溫的抵抗力也較差，但陰離子交換器在除鹽系統中一般都是布置在陽離子交換器之后，進入除鹽裝置的水中的強氧化劑都消耗在氧化陽樹脂上了，無形中對陰樹脂起了保護作用，一般只是溶于水中的氧對陰樹脂起破壞作用。
二、污染
陽樹脂
陽樹脂會受到進水中的懸浮物、鐵、鋁、硫酸鈣、油脂類等物質的污染。在除鹽系統中用的陽樹脂受鐵、鋁污染的可能性很少，因為以酸作再生劑能很好地溶解和清除掉鐵、鋁的沉積物。但在軟化水系統中的陽樹脂，會在相當時間內被這類物質所污染，因為用食鹽作再生劑有能從樹脂表面有效地清除鐵、鋁沉積物，而只能除掉小部分已經交換到陽樹脂上的鐵和鋁離子。采用硫酸作再生劑時，可能會有硫酸鈣沉積在樹脂表面。
運行中應盡量采取措施防止上述物質對陽樹脂的污染。萬一受到污染，可針對污染物種類用下述方法處理樹脂。
（1）空氣擦拭發
從顯微鏡下能看出樹脂表面有沉積物時，可采用空氣擦洗除去。由于交換器樹脂層底部通常都沒有設置壓縮空氣分配系統，壓縮空氣擦洗可用內徑為20～45mm的塑料硬管做成空氣槍，以軟管連接到壓縮空氣氣源上進行。具體作法是：先將交換器的水位降到樹脂層降到樹脂層表面上300～400mm處，將空氣槍插到樹脂層底部，控制一定的空氣壓力和氣量，使樹脂強烈攪動；10～15min后停氣用水反洗，以除去擦下來的污染雜質。這樣反復進行擦洗和反洗，直到反洗排水清晰為止。
（2）酸洗法
采用酸液浸泡方式酸洗時，可以通過壓縮空氣攪拌。受硫酸鈣沉淀污染的陽樹脂可用EDTA稀溶液清洗。
陰樹脂
強堿性陰樹脂在使用中，常常會受到有機物、膠體硅、鐵的化合物等雜質的污染，使交換容量降低。
（1）有機物污染
陰樹脂被有機物污染程度，可用下述簡易方法判斷：將50mL被污染的樹脂裝入錐形瓶中，用純水搖動洗滌3～4次，以去除樹脂表面污物，然后加入10%食鹽水，劇烈搖動5～10min后觀察食鹽水的顏色，按溶液色澤判別污染程度。
一般在樹脂受到中度污染時即需進行復蘇處理，經用多種鈉鹽和堿配成復蘇液對污染樹脂進行的試驗發現，復蘇液使樹脂收縮程度大者復蘇效果好。對于不同水質污染的陰樹脂，復蘇液的配比應有所變化，需做具體的篩選試驗。常用兩倍以上樹脂體積的含10% NaCl和1%NaOH溶液，浸泡16～48h復蘇污染樹脂。
（2）鐵污染
運行中的樹脂也經常被重金屬離子及其氧化物污染，其中最常遇到的是鐵的化合物。陰樹脂被污染的可能性更大，這主要是因再生陰樹脂的堿不純，特別是由于液體堿中含有鐵的化合物比較多而引起的。鐵與大分子有機物生成絡合物進入陰樹脂網絡，也會導致陰樹脂受到污染。
陰樹脂受鐵污染顏色變黑，性能變壞，再生效率降低，再生劑用量與清洗水耗增加。受鐵污染后的陰樹脂一般也采用與陽樹脂相同的酸洗辦法進行處理。
值得說明的是，由于工業鹽酸含鐵量較高（可能以FeCl4-形態存在），當酸洗被鐵污染的陰樹脂時，不僅不能清洗出樹脂中的鐵，相反還會交換到該樹脂上去。因此，酸洗被鐵污染的陰樹脂宜用化學純的鹽酸。
如果陰樹脂既被有機物污染，又被鐵離子及其氧化物污染，則應首先除去鐵離子及其氧化物，而后再除去有機物。利用超聲波清洗被污染的陰、陽離子交換脂是近年來應用的一項新技術。它是利用高頻率的超聲振動所起的空化作用，使樹脂的各種污染受到松動、破壞，進而轉入到水中被反洗水沖走。
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